Uli Fussenegger konzertiert bei den wichtigsten Festivals auf allen Kontinenten als Solist und/oder Ensemblemusiker und ist Mitglied des Klangforum Wien.
Zahlreiche Werke wurden für ihn komponiert (u.a. von Georges Aperghis, Bernard Lang, Beat Furrer, Matthias Pintscher, Mauricio Sotelo, Alberto Posadas, Malin Bang, uva) und von ihm uraufgeführt, zudem konzertiert er im Bereich der freien Improvisation und Elektronik. Mitwirkung bei unzähligen CD/DVD/TV Produktionen als Musiker, Komponist, Aufnahmeleiter und Produzent.
Als Komponist trat Uli Fussenegger zuletzt mit dem Stück 'San Teodoro 8' (Teil des Projekts Giacinto Scelsi revisited) in Erscheinung, das seine Uraufführung in Witten 2014 erlebte und seitdem mehrfach bei internationalen Festivals aufgeführt wurde.
Uli Fussenegger ist zudem Programmdramaturg und Projektentwickler des Klangforum Wien. Ausserdem ist er Gründer und Betreiber des CD Labels DURIAN Records.
Er unterrichtet an der Hochschule für Musik in Luzern, bei den Int. Ferienkursen für Neue Musik in Darmstadt und bei der Ensembleakademie ‚Impuls‘ in Graz sowie an der Kunstuniversität Graz.
Bei den Internationalen Ferienkursen für Neue Musik Darmstadt ist Uli Fussenegger seit 2002 als Dozent tätig.